Pour vous préparer aux Transformers : The Headmasters, vous devez oublier l'histoire de la saison 4 américaine (contient 3 épisodes nommés "Rebirth" qui introduit les Headmasters et les Targetmasters Transformers, la fin des séries Transformers en Amérique). Il n'y a aucun Nébulons, aucun être de chair qui vit dans la tête du robot et Cybertron n'a pas été rechargé par le soleil. Elle est donc la suite de la saison 3 américaine (après les deux épisodes : "Le Retour d'Optimus Prime"). Les Headmasters est le début des dessins animés japonais des Transformers et elle est exclusive au Japon malheureusement. Cette série est vraiment ce que serait une saison 4 de Les Transformers en Amérique. Les 35 épisodes, que comprennent cette série, commencent assez loin après l'épisode du Retour d'Optimus Prime, environ en 2011 (2007 dans celle américaine). Optimus Prime et Galvatron sont là, avec la plupart des Transformers du film puis même des Transformers du passé comme Jazz, Soundwave, Sideswipe, Sunstreaker et Prowl, car le film n'a pas été encore diffusé au Japon. Les absents de la série sont Perceptor et Sky Lynx, qui jouaient un rôle plus important dans la saison 3 des Transformers. Plus de décès et de destruction surgissent dans cette série, ce qui n'était pas présent dans les épisodes des Transformers précédents. Les Headmasters commence avec Galvatron dirigeant une nouvelle armée de Decepticons avec des Headmasters dans une bataille sur Cybertron. Les Autobots sont sauvés par l'arrivée d'Headmasters Autobots, dirigé par Forteress Maximus, mais surtout par Cérébros, la tête de Forteresse Maximus. On révèle que Forteress Maximus a quitté Cybertron des millions d'années auparavant à la recherche d'énergie et a décidé de revenir. Il explique que les Headmasters proviennent de la planète Master et qu'ils sont des robots de la taille d'humain ayant bâti eux-mêmes des corps de taille de Transformers. Ils peuvent alors se transformer eux-mêmes en la tête du robot et ils joignent la guerre des Autobots et des Decepticons. Plusieurs choses arrivent dans les Headmasters. Optimus Prime meurt (encore) malheureusement en fusionnant avec Vecteur Sigma et Hot Rod reprend alors son rôle de chef en redevenant Rodimus Prime. Soundwave et Blaster se combattent, meurent, et ils sont ressuscités comme Soundblaster et Twincast. Cybertron est détruit et Rodimus Prime conduit alors une équipe pour trouver une nouvelle planète et laisse Forteress Maximus comme chef. Mars est détruite, Ultramagnus meurt et Galvatron est enterré dans une avalanche arctique. Scorponok devient le dirigeant des Decepticons et obtient tôt ou tard lui-même un corps plus puissant en s'appelant Mégazarak. Après plus d'une rencontre, les Autobots contrecarre un plan des Decepticons de détruire la Terre, Forteress Maximus tue Mégazarak et les Decepticons sont conduits loin de Terre.