Nous sommes en l'an 2005, 20 plus tard après 1985 (saison 2). Les choses ont bien changés depuis. Les Décepticons ont conquis Cybertron et les Autobots se sont réfugiés sur ses 2 lunes et sur Terre à Autobots City, leur nouveau quartier général. Une planète robotique nommée Unicron est introduite. Optimus Prime et Mégatron s'achèvent l'un et l'autre lors d'un combat. Suite à ses blessures, Optimus Prime meurt et révèle une relique, le Matrix. Mégatron mourant, est bannit par Starscream dans l'espace et récupéré par Unicron qui lui offrira un nouveau corps, il est rebâti et nommé Galvatron. Le film introduit de nouveaux personnages pour remplacer ou pour rejoindre les originaux comme les Autobots Hot Rod et Ultramagnus puis les Décepticons Cyclonus et Scourge. Vers la fin du Film, Unicron est détruit par Rodimus Prime (Hot Rod) à l'aide du Matrix et les diaboliques Décepticons ont été bannis de Cybertron. Les héroïques Autobots reconquièrent Cybertron et Hot Rod en possession du Matrix est le nouveau chef des Autobots et se nomme maintenant Rodimus Prime, comme Optimus Prime.